大陸漁業研究中心

地理資訊系統研究中心

貴重儀器中心

海洋工程科技中心

臺灣藻類資源應用研發中心

智慧生活科技研究中心

臺灣郵輪產學發展中心

人工智慧研究中心

馬祖海洋研究中心

延平水下科技中心

海洋工程綜合實驗研究中心

院級中心

海運暨管理學院

海運研究中心

生命科學院

生物技術教學與研究中心

陸生動物實驗中心

工學院

計算與模擬中心

海洋能系統中心

海洋科學與資源學院

鯊魚永續研究中心

永續島嶼研究中心

電機資訊學院

電資醫學研究中心

綠能與光電研究中心

海洋監測系統科技研究中心

共同教育中心

臺灣客家研究暨推廣中心

系所級中心

食品科學系

食品工業研究與服務中心

食品保健與風險教育中心

水產養殖學系

水產品產銷履歷驗證暨檢驗中心

水生動物實驗中心

海洋生物研究所

電子顯微鏡中心

系統工程暨造船學系

水下噪音暨流體動力研究中心

振動噪音工程研究中心

河海工程學系

近海防災科技研究中心

機械與機電工程學系

先進製造工程研究中心

水產機電系統應用中心

運輸科學系

航行資訊研究中心

國際運輸研究中心

國際運輸與物流產學研究中心

輪機工程學系

製造暨材料量測研究中心

航運管理學系

綠色航運物流研究中心

電機工程學系

智慧電子產學研發中心

通訊與導航工程系

電子海圖研究中心